Η ιατρός  Αφροδίτη Καπώνη γεννήθηκε στην Αθήνα στις 19 Δεκεμβρίου 1967. Από το 1981 έως το 1995 έζησε στο Μόναχο.
Το 1986 έγινε δεκτή στην Ιατρική Σχολή του Λουδοβικείου Μαξιμιλιάνειου Πανεπιστημίου Μονάχου από όπου αποφοίτησε το 1993.
Η ιατρός ξεκίνησε  την ειδικότητα της Νευρολογίας στην Γερμανία και συνέχισε στην Νευρολογικη Κλινική του Πανεπιστημίου  Αθηνών (Αιγινήτειο Νοσοκομείο) όπου και τελείωσε  το 2002.
Από το 2003 έως το 2006 εργάσθηκε ως Medical Manager στην φαρμακευτική εταιρεία SERONO στο τμήμα της Σκλήρυνσης κατά Πλάκας.
Το διάστημα 2006 έως 2009 εργάσθηκε ως επιμελητρια στην Νευρολογική Κλινική της ΕΥΡΩΚΛΙΝΙΚΗΣ ΑΘΗΝΩΝ ενώ από το 2010 μέχρι σήμερα είναι διευθύντρια της ίδιας κλινικής.
Στα πλαίσια της Νευρολογίας έχει ασχοληθεί ιδιαίτερα με την Ηλεκτροεγκεφαλογραφία και την Σκλήρυνση κατά Πλάκας.
Είναι παντρεμένη και μητέρα δύο παιδιών.